Am Fluss Guadiana, nördlich der Stadt Myrtilis, befand sich außerhalb der Stadtmauern in der Römerzeit ein großer Friedhof. Im 16. Jahrhundert wurde hier eine Kapelle zu Ehren des Heiligen Sebastians errichtet.
Als in den 1980er Jahren der Sitz des Schulverbunds von Mértola errichtet wurde, kam es an diesem Ort zu einer archäologischen Ausgrabung, wodurch die gesamte Ermida de S. Sebastião mithilfe von historischen Forschungsarbeiten wiederaufgebaut und dutzende in Stein gemeißelte Gräber erhalten werden konnten. Beide Räume sind heute das Schulgelände integriert.
Dieser Ort ist ein wichtiges Lerninstrument, verbindet es doch die Schulgemeinschaft mit dem Museum, und zwar durch das Projekt „A minha escola tem um Museu“ (In meiner Schule gibt es ein Museum).