Junto al río Guadiana, al norte de la ciudad de Myrtilis, fuera de las imponentes murallas, en la época romana se ubicaba un gran cementerio. En el siglo XVI d. C., aquí se erigió una ermita dedicada a S. Sebastián.
La construcción de la actual sede de la Agrupación de Escuelas de Mértola, en los años 80 del siglo XX, motivó una excavación arqueológica que, junto con la investigación histórica, permitió reconstruir en su totalidad la ermita de S. Sebastián y preservar algunas decenas de sepulturas excavadas en piedra.
Ambos espacios se encuentran integrados en el recinto escolar. Este es un importante instrumento de trabajo que vincula a la comunidad escolar y al museo gracias a la acción «Mi escuela tiene un museo».
Núcleo Museológico de
Fecha de inauguración: 2003