Das Museum der islamischen Kunst ist in einem Gebäude aus dem 18. Jahrhundert untergebracht und ist Zeugnis der intensiven Arbeit, die über Jahre hinweg zur Erforschung und Aufbereitung des gehobenen Materials aus dem maurischen Zeitalter getan wurde.
Das Material stammt überwiegend aus den archäologischen Ausgrabungen, in der Alcazaba von Mértola. Die ausgestellte Sammlung repräsentiert die Zeit vom 9. bis zum 13.
Jahrhundert und zeigt viele verschiedene Formen und Funktionalitäten, insbesondere architektonische Elemente, Grabsteine und Keramikgefäßen des alltäglichen Lebens. Besonders interessant sind hier die mit der Trockenschnurtechnik verzierten Gegenstände, die Metalle und Mettallegierungen, das bearbeitete Glas und der bearbeitete Knochen.