El Museo de Mértola es constituido por 14 núcleos que se encuentran instalados en diversos edificios de la Vila de Mértola y en las localidades de Mosteiro, Alcaria dos Javazes y Mina de S. Domingos.
El hecho de no tener toda la colección expuesta en un solo lugar junto con la diversidad temática permite muchas posibilidades de visita y de organización de recorridos.