Estudiar, inventariar, conservar y difundir las colecciones que integran su acervo;

Valorar las colecciones entendidas como testimonio de la cultura material y de la identidad de la población de Mértola a lo largo del tiempo;

Como museo de la Red Portuguesa de Museos, integrar en su acervo todos los bienes procedentes de intervenciones arqueológicas o de recolecciones realizadas en el municipio para promover su inventario, acondicionamiento, conservación y estudio;

Apoyar y colaborar en la protección del patrimonio cultural, material e inmaterial, del municipio de Mértola en el ámbito nacional e internacional;

Promover y desarrollar estudios e investigación que contribuyan al conocimiento de la historia local;

Desarrollar estrategias de trabajo que permitan captar nuevos públicos y fortalecer los lazos de identidad y pertenencia de la comunidad local;

Establecer asociaciones y colaboraciones con instituciones locales, nacionales y extranjeras con vistas al estudio, preservación, valoración, difusión y disfrute del patrimonio local;

Apoyar la creación, organización y consolidación de nuevos núcleos museológicos o museos que se creen en el municipio de Mértola, con especial atención a los creados por el ayuntamiento, ayudando a promover y difundir las buenas prácticas inherentes a la museología, teniendo siempre una preocupación social y pedagógica y considerando el desarrollo de un turismo cultural de calidad;

Participar en proyectos integrados en redes de ámbito local, regional, nacional e internacional tales como la Red de Museos Rurales del Sur, la Red de Museos del Baixo Alentejo, la Red de Recursos Museológicos del Alentejo y la Red Portuguesa de Museos.